医学科学二处主要资助消化系统、泌尿系统、内分泌系统及代谢和营养支持、眼科学、耳鼻咽喉头颈科学、口腔颅颌面科学领域的组织器官结构、功能、遗传、发育异常，以及各类非肿瘤性、非传染性疾病的病因、发病机理、诊断、治疗的基础研究和应用基础研究。其中，消化系统主要资助消化系统各种非肿瘤性疾病相关科学问题的基础研究。泌尿系统主要资助有关肾、输尿管、膀胱、前列腺和尿道等组织器官结构和功能异常及各种相关非肿瘤性疾病的研究。内分泌系统/代谢和营养支持主要资助内分泌器官结构及功能异常和相关非肿瘤性疾病的研究。眼科学、耳鼻咽喉头颈科学及口腔颅颌面科学主要资助相关部位非肿瘤性疾病研究。
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