医学科学六处主要资助运动系统、康复医学、创伤、烧伤、急重症医学、整形、医学病原微生物与感染、检验医学的基础研究和应用基础研究。其中，运动系统主要资助骨、关节、肌肉、韧带等组织的结构、功能及发育异常以及遗传性疾病、免疫相关疾病、炎症与感染、损伤与修复、移植与重建、疲劳与恢复、退病变、运动损伤、畸形与矫正等运动系统疾病的发病机理及诊断与治疗等基础。康复医学主要资助运动系统、神经系统疾病所致运动障碍及其他器官系统损伤的康复机理，以及临床康复治疗的基础科学问题。创伤、烧伤、急重症医学主要关注创伤、烧伤、冻伤、急重症发生后，机体的一系列病理生理过程及发病机理、影响因素、预防和诊疗手段，鼓励开展交叉学科研究。整形着重于创面愈合与瘢痕、体表组织器官修复、再生、移植与再造和颅颌面畸形与矫正。医学病原微生物与感染主要资助以医学微生物和寄生虫为主体的病原生物资源的收集、保藏、分离与研究。检验医学主要资助旨在探索疾病预测、诊断、治疗和预后的检验医学新指标、新方法、新理论和新技术的研究。
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