医学科学一处主要资助呼吸系统、循环系统、血液系统（含血液肿瘤）组织器官的结构、功能、遗传、发育异常，以及各类非传染性、非肿瘤性疾病（除血液系统外）的病因、发病机理、诊断、治疗的基础研究和应用基础研究。其中，呼吸系统主要资助肺、气道、肺循环、纵隔、胸膜、胸廓、膈肌等疾病，以及肺移植、呼吸系统诊疗新技术等方向相关科学问题的基础研究。循环系统主要资助各种心脏疾病和血管疾病，以及微循环与休克等方向相关科学问题的基础研究。血液系统主要资助血液肿瘤、出血、凝血与血栓、造血干细胞与移植、造血调控与造血微环境异常等基础研究。
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